Tıbbi Biyokimya
Protein ekleme (splicing) , belirli bir proteinin molekül içi reaksiyonudur; bu reaksiyonda , öncü proteinden iç protein segmenti ( intein olarak adlandırılır) çıkarılır ve her iki tarafta C-terminal ve N-terminal dış proteinler ( eksteinler olarak adlandırılır ) bağlanır. Öncü proteinin ekleme noktası esas olarak nükleofilik yan zincir içeren amino asitler olan sistein veya serindir . Günümüzde bilinen protein ekleme reaksiyonları, adenozin trifosfat (ATP) veya guanozin trifosfat (GTP) gibi ekzojen kofaktörlere veya enerji kaynaklarına ihtiyaç duymaz. Normalde, ekleme yalnızca pre-mRNA eklemesiyle ilişkilidir . Bu öncü protein üç segment içerir: bir N-ekstein, ardından intein ve ardından bir C-ekstein . Ekleme gerçekleştikten sonra, ortaya çıkan protein, C-eksteine bağlı N-eksteini içerir; bu ekleme ürününe de ekstein denir.
İlk intein, 1988 yılında Neurospora crassa ve havuç vakuoler ATPaz (inteinsiz) ile ilk olarak varsayımsal bir kalsiyum iyon taşıyıcısı olarak tanımlanan mayadaki homolog gen (inteinli) arasındaki dizi karşılaştırması yoluyla keşfedilmiştir . 1990 yılında Hirata ve ark., maya genindeki ekstra dizinin mRNA’ya transkribe edildiğini ve ancak translasyondan sonra konak proteininden çıkarıldığını göstermiştir. O zamandan beri inteinler, … Devamını oku
eGFR Hesaplama Formülleri — CKD-EPI, MDRD, Cockcroft-Gault
Özellik CKD-EPI MDRD Cockcroft-Gault Açılım Chronic Kidney Disease Epidemiology Collaboration Modification of Diet in Renal Disease Cockcroft-Gault Ne hesaplar? eGFR eGFR Kreatinin klirensi Birim mL/dk/1.73 m² mL/dk/1.73 m² mL/dk En sık kullanım Kronik böbrek hastalığı evreleme Eski eGFR raporlamaları İlaç doz ayarlaması Daha doğru olduğu alan Özellikle GFR >60’ta MDRD’den daha iyi GFR <60’ta kabul … Devamını oku
Trigliserid sentezi ve gliserol metabolizması açısından karaciğer ile yağ dokusu (adipoz doku) arasındaki kritik biyokimyasal farkı; Karaciğerde bulunan gliserol kinaz enzimi yağ dokusunda bulunmaz.
GLİSEROL METABOLİZMASI Lipoliz sırasında, Yağ dokusunda trigliserid yıkılır. Trigliserid; Hormona duyarlı lipaz (HSL) ile 3 Yağ asidi + Gliserol’e döner. Burada iki ürün oluşur;ilki serbest yağ asitleri diğeri ise Gliseroldür. Serbest yağ asitleri; Yağ dokusunda kullanılabilir veya Kana geçerek Kas ile Karaciğer tarafından enerji amacıyla kullanılır. Gliserol ne olur? İşte kritik nokta budur. Yağ dokusunda … Devamını oku
SAM (S-Adenozilmetiyonin) Kullanan Başlıca Metilasyon Reaksiyonları
Reaksiyon Metil Alan Molekül Enzim Klinik Önemi Epinefrin sentezi Norepinefrin → Epinefrin PNMT Adrenal medulla Kreatin sentezi Guanidinoasetat → Kreatin Guanidinoasetat metiltransferaz (GAMT) Kas ve beyin Fosfatidilkolin sentezi Fosfatidiletanolamin → Fosfatidilkolin PEMT Karaciğer, VLDL sentezi Melatonin sentezi N-Asetilserotonin → Melatonin HIOMT (ASMT) Pineal bez DNA metilasyonu DNA DNA metiltransferaz Gen susturma, epigenetik RNA metilasyonu RNA … Devamını oku
Primer safra asitleri; Kolik asit, Kenodeoksikolik asit’ dir. Sekonder safra asitleri;Deoksikolik asit, Litokolik asit’ dir. Tersiyer safra asitleri; Ursodeoksikolik asit (UDCA) dir.
Safra asitleri, kolesterolden sentezlenen ve yağların sindirimi ile emiliminde görev yapan amfipatik moleküllerdir. Genel Sınıflama Grup Üretim Yeri Örnekler Primer safra asitleri Karaciğer Kolik asit, Kenodeoksikolik asit Sekonder safra asitleri Barsak bakterileri Deoksikolik asit, Litokolik asit Tersiyer safra asitleri Karaciğer (sekonderlerin modifikasyonu) Ursodeoksikolik asit (UDCA) Safra Asidi Sentezi Başlangıç maddesi: Kolesterol Hız kısıtlayıcı enzim ****** … Devamını oku
Yağda çözünen çöpçü membran antioksidanı; beta karoten
Beta-karoten, biyolojik sistemlerde lipit fazında bulunan ve özellikle membran yapısını oksidatif hasara karşı koruyan en güçlü “lipofilik” (yağda çözünen) antioksidanlardan biridir. “Çöpçü” (scavenger) tanımı, beta-karotenin serbest radikalleri yakalama ve etkisiz hale getirme yeteneği ile doğrudan ilişkilidir. Beta-Karotenin Antioksidan Etki Mekanizması Beta-karotenin membran yapısındaki rolünü şu başlıklarla özetleyebiliriz: Klinik ve Biyokimyasal Bağlam Kardiyovasküler sistemde endotel hücrelerinin … Devamını oku
Glukoneogenezin substratları; Laktat, Gliserol, Propionil-KoA, Alfa ketoasitler ve Glikojenik Aminoasitler (lösin ve lizin gibi ketojenik aa hariç)
Glukoneogenez Substratları Neden Lösin ve Lizin Hariç? Bu iki amino asit, glukoneogenez için “substrat olamazlar” çünkü bunlar tamamen ketojenik amino asitlerdir. Klinik ve Akademik Not Bu substrat listesi, özellikle açlık metabolizması ve diyabetik ketoasidoz süreçlerinde vücudun alternatif enerji kaynaklarını nasıl kullandığını anlamak için temel teşkil eder. Madde Glukoza Dönüşebilir mi? Laktat ✓ Gliserol ✓ Propionil-CoA … Devamını oku
Pirüvat kinazı inhibe eden aminoasit; Alanindir. Pirüvat kinazı KC inhibe eden hormon ise; glukagon’ dur.
Alanin, glikoliz yolunun en önemli düzenleyici noktalarından biri olan Pirüvat Kinaz enzimini inhibe eden en temel allosterik inhibitör amino asittir. Alanin, pirüvattan transaminasyon yoluyla (ALT enzimi sayesinde) kolayca üretilebilir. Hücrede alanin seviyesinin yüksek olması, aslında pirüvatın ve dolayısıyla glikoliz ürünlerinin “yeterli” olduğunu gösterir. Yani, pirüvat kinazı durdurarak glikolizi yavaşlatmak, hücresel enerji tasarrufu için rasyonel bir … Devamını oku