Mesane ürotelyal karsinomda 9. Kromozom delesyonu en sık genetik değişikliktir. Noıı-iııvaziv, düşük grade papiller karsinomlarda HRAS ve FGFR3’te mutasyon; yüksek grade olgularda p53 ve Rb tümör supresör gen mutasyonu saptanır. 17p delesyonu p53 kaybı, tümöre agresif büyüme ve invazyon yeteneği kazandırır.