Çiçek hastalığının komplikasyonları en sık solunum sisteminde ortaya çıkar ve basit bronşitten ölümcül zatürreye kadar değişir . Solunum komplikasyonları genellikle hastalığın yaklaşık sekizinci gününde gelişir ve viral veya bakteriyel kökenli olabilir. Cildin sekonder bakteriyel enfeksiyonu, çiçek hastalığının nispeten nadir görülen bir komplikasyonudur. Bu meydana geldiğinde, ateş genellikle yüksek kalır. Diğer komplikasyonlar arasında yetişkinlerde daha yaygın olan ve geçici sakatlığa neden olabilen ensefalit (500 hastada 1); yüzde en belirgin olmak üzere kalıcı çukurlu yara izleri; ve gözleri ilgilendiren komplikasyonlar (tüm vakaların %2’si) bulunur. Göz kapağı, konjonktiva ve korneada püstüller oluşabilir ve konjonktivit , keratit , kornea ülseri , iritis , iridosiklit ve optik sinir atrofisi gibi komplikasyonlara yol açabilir . Keratit ve kornea ülseri olan gözlerin yaklaşık %35-40’ında körlük meydana gelir. Hemorajik çiçek hastalığı, subkonjonktival ve retinal kanamalara neden olabilir. Çiçek hastalığı olan küçük çocukların %2-5’inde virionlar eklemlere ve kemiklere ulaşarak osteomiyelitis variolosa’ya neden olur. Kemik lezyonları simetriktir, en çok dirseklerde, bacaklarda görülür ve karakteristik olarak epifiz ayrılmasına ve belirgin periosteal reaksiyonlara neden olur. Şişmiş eklemler hareketi kısıtlar ve artrit, uzuv deformitelerine, ankiloz , şekil bozukluğu olan kemiklere, sallanan eklemlere ve kısa parmaklara yol açabilir. Hayatta kalanların %65 ila %80’inde, özellikle yüzlerinde belirgin olmak üzere, derin çukurlu izler (pockmark) bulunur.