Terminal ileumun rezeksiyonunun çok fazla komplikasyonu vardır. terminal ileum vitamin B12 absorpsiyonunun ve safra tuzu absorpsiyonun olduğu tek yerdir. Bu yüzden terminal ileumun rezeksiyonundan 3–6 ay sonra düşük serum B12 seviyelerine bağlı olarak megaloblastik anemi gelişme ihtimali vardır. Rezeksiyondan sonra bu vitaminin parenteral desteği gerekir. Safra tuzunun absorptif özelliğinin kaybı rölatif olarak safra tuzu eksikliğine neden olabilir. Çünkü safra tuzu yeniden dolaşıma girmede başarısız olur. Abzorbe olmayan yağ asitleri ve köpükleri kolonik mukozayı sonrasında irite eder ve artmış safra tuzu miktarı ile birlikte kolonda su ve elektrolit abzorpsiyonunu engeller, koleretik ishal oluşturur. Terminal ileum demirin abzorbe edildiği yer değildir.