Paromomisin, 16S ribozomal RNA’ya bağlanarak dirençli olmayan hücrelerde protein sentezini inhibe eder . Suda çözünebilen bu geniş spektrumlu antibiyotik, neomisine çok benzer bir etkiye sahiptir . Paromomisinin Escherichia coli ve Staphylococcus aureus’a karşı antimikrobiyal aktivitesi gösterilmiştir. Paromomisin, ribozomal translasyondaki hata oranını artırarak antibiyotik olarak çalışır. Paromomisin, genellikle A1492 ve A1493 kalıntılarının istiflendiği bir RNA döngüsüne bağlanır ve bu iki kalıntıyı dışarı atar. Bu iki kalıntı, kodon ve antikodon arasında doğru Watson-Crick eşleşmesinin tespitinde rol oynar. Doğru etkileşimler sağlandığında, bağlanma iki kalıntıyı dışarı atmak için enerji sağlar. Paromomisin bağlanması, kalıntı atılması için yeterli enerji sağlar ve böylece ribozomun yanlış amino asidi yeni oluşan peptit zincirine dahil etmesine neden olur. Canlı E. coli hücrelerinde aminoglikozitlerin protein sentezi üzerindeki etkilerine ilişkin yakın zamanda yapılan gerçek zamanlı ölçümler, paromomisinin protein sentezine müdahalesinin sadece mRNA’nın yanlış okunmasından değil, aynı zamanda genel protein uzama hızında önemli bir azalmadan da kaynaklandığını ve protein sentezinin daha kapsamlı bir şekilde engellendiğini göstermektedir.Paromomisin, amebiyazis , giardiyazis, leishmaniasis ve tenya enfeksiyonu dahil olmak üzere bir dizi parazitik enfeksiyonu tedavi etmek için kullanılır. Ayrıca Kriptosporidiyoz tedavisinde de kullanılır.

Paromomisin, mikroorganizmaların protein sentezini bozarak veya durdurarak etki gösterir. Ağızdan alındığında bağırsak mukozasından emilmediği için sistemik (tüm vücudu etkileyen) bir etki yaratmaz; doğrudan bağırsak lümenindeki patojenlere karşı lokal olarak savaşır

Protein Sentezinin Engellenmesi: Diğer aminoglikozidler gibi paromomisin de parazitin 30S ribozomal alt birimine bağlanır. Bu bağlanma, ribozomun doğru çalışmasını engeller, hatalı protein üretimine yol açar ve hayati proteinlerin sentezini durdurur.

Hücre Zarının Bozunması: Amip hücrelerinde doğrudan hasara yol açarak hücre zarının geçirgenliğini artırır. Bu durum hücre içeriğinin dışarı sızmasına ve amibin ölümüne neden olur.

Dolaylı Lümen Etkisi: Bağırsaktaki bakteri florasını azaltarak da dolaylı bir etki gösterir. Böylece amiplerin beslenmek ve büyümek için ihtiyaç duyduğu bakteri popülasyonunu ortadan kaldırır.