Paromomisin, mikroorganizmaların protein sentezini bozarak veya durdurarak etki gösterir. Ağızdan alındığında bağırsak mukozasından emilmediği için sistemik (tüm vücudu etkileyen) bir etki yaratmaz; doğrudan bağırsak lümenindeki patojenlere karşı lokal olarak savaşır

Protein Sentezinin Engellenmesi: Diğer aminoglikozidler gibi paromomisin de parazitin 30S ribozomal alt birimine bağlanır. Bu bağlanma, ribozomun doğru çalışmasını engeller, hatalı protein üretimine yol açar ve hayati proteinlerin sentezini durdurur.
Hücre Zarının Bozunması: Amip hücrelerinde doğrudan hasara yol açarak hücre zarının geçirgenliğini artırır. Bu durum hücre içeriğinin dışarı sızmasına ve amibin ölümüne neden olur.
Dolaylı Lümen Etkisi: Bağırsaktaki bakteri florasını azaltarak da dolaylı bir etki gösterir. Böylece amiplerin beslenmek ve büyümek için ihtiyaç duyduğu bakteri popülasyonunu ortadan kaldırır.