Primer konjonktival inklüzyon kistlerinin, embriyonel gelişim sırasında karunküler epitelin veya forniksin aşırı invaginasyonundan kaynaklandığı düşünülmektedir.
İkincil olarak kabul edilen sonradan oluşan kistler genellikle göz ameliyatının bir komplikasyonudur; bununla birlikte kronik inflamasyon, dev papiller ile bulbar konjonktiva arasındaki sürtünme ve ilaç kaynaklı köken gibi diğer yatkınlaştırıcı faktörler de bildirilmiştir