Beyindeki kök hücre nişlerini tanımlamak için sitoplazmik ve nükleer proteinler kullanılır:
- Nestin: Nöral öncül hücrelerin hücre iskeletinde bulunan bir protein.
- SOX2: Hücrenin “pluripotens” (her şeye dönüşebilme) yeteneğini koruyan bir transkripsiyon faktörü.
- GFAP: Subventriküler zondaki kök hücre (Tip B hücreleri) özelliği gösteren astrosit benzeri hücrelerde bulunur.