Proteobiyotikler, belirli probiyotik suşlarının fermantasyon süreciyle üretilen doğal metabolitlerdir. Bu küçük oligopeptitler başlangıçta probiyotik bakterileri yetiştirmek için kullanılan kültür ortamlarında keşfedilmiş ve izole edilmiş olup, probiyotiklerin bazı sağlık yararlarını açıklayabilir.