Down Sendromu (Trizomi 21): Down sendromlu bireylerde otoimmün hastalıkların, özellikle de Haşimoto Tiroiditi ve hipotiroidinin görülme sıklığı normal popülasyona göre önemli ölçüde daha yüksektir. Bunun nedenleri tam olarak anlaşılamamış olsa da, genetik faktörler ve immün sistemdeki düzensizlikler rol oynamaktadır.
Turner Sendromu (45, X0): Turner sendromu olan kız çocukları ve kadınlarda otoimmün tiroid hastalıkları (Haşimoto tiroiditi ve Graves hastalığı dahil) riski artmıştır. Bu da kromozomal anormalliklerin immün disregülasyonla ilişkili olabileceğini düşündürmektedir.
Klinefelter Sendromu (47, XXY): Klinefelter sendromlu erkeklerde de otoimmün tiroid hastalıkları dahil olmak üzere çeşitli otoimmün hastalıkların prevalansı artmaktadır.
Konjenital Rubella (Kızamıkçık) Enfeksiyonu: Anne karnında konjenital rubella enfeksiyonu geçiren çocuklarda, yaşamlarının ilerleyen dönemlerinde otoimmün tiroidit (Haşimoto tiroiditi gibi) ve tip 1 diabetes mellitus gibi diğer otoimmün hastalıkların gelişme riski artmaktadır. Virüsün otoimmüniteyi tetikleyici bir rol oynadığı düşünülmektedir.
Otoimmün Poliglandüler Sendrom Tip 2 (OPS Tip 2 / Schmidt Sendromu): Bu sendrom, en az iki endokrin bezin otoimmün yıkımı ile karakterizedir. OPS Tip 2’nin klasik üçlüsü Addison hastalığı (primer adrenal yetmezlik), Tip 1 Diabetes Mellitus ve Otoimmün Tiroid Hastalığı (genellikle Haşimoto Tiroiditi)‘dir. Hastaların çoğunda tiroid tutulumu (Haşimoto) görülür.
Diğer Otoimmün Hastalıklar: Haşimoto tiroiditi, diğer otoimmün hastalıklarla birlikte sıkça görülür. Bu durum, genetik yatkınlıkların ve immün sistemin genel düzensizliklerinin farklı organları etkileyebileceğini gösterir.
Tip 1 Diabetes Mellitus: Hem Haşimoto tiroiditi hem de tip 1 diyabet otoimmün hastalıklardır ve aynı bireyde birlikte bulunma eğilimindedir.
Çölyak Hastalığı: Gluten intoleransına bağlı otoimmün bir bağırsak hastalığıdır. Çölyak hastalığı olan bireylerde de Haşimoto tiroiditi görülme sıklığı artmıştır.
Sistemik Lupus Eritematozus (SLE), Romatoid Artrit, Primer Biliyer Kolanjit (PBC), Pernisiyöz Anemi gibi diğer otoimmün hastalıklar da Haşimoto tiroiditi ile ilişkilendirilebilir.