Natamisin , mantar hücre zarlarında bulunan ergosterole spesifik olarak bağlanarak mantarların büyümesini engeller . Natamisin, amino asit ve glikoz taşıma proteinlerini inhibe ederek plazma zarı boyunca besin taşınmasının kaybına neden olur. Bu bağlanma geri dönüşümlü olsa da, ergosterol bağlanması mantar inhibisyonunun evrensel bir mekanizması olarak hareket eder ve natamisinin Saccharomyces mayasından Aspergillus küfüne kadar çeşitli mantar patojenleri üzerinde etki etmesini sağlar . Natamisin, ilgili antifungal ilaçlar arasında özellikle doğrudan zar geçirgenliğine neden olmaması nedeniyle benzersizdir.