Nedeni iyi tanımlanmamıştır, ancak öncelikle kan damarlarının oto-inflamasyonu ile karakterizedir. Bazen yanlışlıkla dışlama tanısı olarak anılsa da, tanı bazen etkilenen bölgelerin patolojik incelemesiyle elde edilebilir.
Hasarın birincil mekanizması, tanımı gereği hastanın kendi vücudunu hedef alan aşırı aktif bir bağışıklık sistemi olan otoimmündür. T hücrelerinin bir alt kümesinin ( Th17 ) dahil olması önemli görünmektedir. Birincil neden iyi bilinmemektedir. Aslında, henüz kimse bağışıklık sisteminin Behçet hastalığında neden bu şekilde davranmaya başladığını bilmiyor. Ancak, etkilenen hastaların birinci derece akrabaları genellikle genel nüfus için beklenen orandan daha fazla etkilendiğinden, genetik bir bileşenin de dahil olduğu görülmektedir.
Araştırmalar, önceki enfeksiyonların Behçet hastalığında bulunan otoimmün tepkileri tetikleyebileceğini ileri sürmektedir. Isı şoku proteinleri (HSP’ler) bazı bakterilerde bulunur ve bağışıklık sistemine bir “tehlike sinyali” görevi görür. Ancak bazı HSP’ler bakterilerde ve insanlarda benzerlik gösterir. Streptokoklar ( S. sanguinis ve S. pyogenes dahil ) ve Mycobacterium tuberculosis tarafından üretilen HSP’leri hedef alan anti- HSP60 ve anti- HSP65 antikorları, insan HSP’lerini de hedef alabilir ve bu da üveitle bağlantılı bağışıklık tepkilerine ve parankimal nöro-Behçet hastalığında görülen çeşitli semptomlara yol açabilir.
Kromozom 7’nin uzun kolundaki (7q36.1) GIMAP (” GTPase of the immunity-associated protein“) gen ailesiyle bir ilişki bildirilmiştir. Behçet hastalığıyla ilişkili tek nükleotid polimorfizmlerinin gen konumları arasında GIMAP1 , GIMAP2 ve GIMAP4 yer almaktadır .
Behçet hastalığının Orta Doğu ve Orta Asya’daki eski ipek ticaret yollarını çevreleyen bölgelerde daha yaygın olduğu düşünülmektedir . Bu nedenle, bazen İpek Yolu hastalığı olarak bilinir . Ancak, bu hastalık bu bölgelerdeki insanlarla sınırlı değildir. Çok sayıda serolojik çalışma, hastalık ile HLA-B51 arasında bir bağlantı olduğunu göstermektedir . HLA-B51, Orta Doğu’dan Güneydoğu Sibirya’ya kadar daha sık bulunur, ancak bazı çalışmalarda B51 insidansı normal popülasyondan 3 kat daha yüksekti. Ancak, belirli bir SUMO4 gen varyantı söz konusu olduğunda hastalıkta B51 bulunma eğiliminde değildir ve HLA-B27 mevcut olduğunda semptomlar daha hafif görünmektedir . Şu anda, Behçet hastalığına yol açan benzer bir enfeksiyöz köken henüz doğrulanmamıştır, ancak S. sanguinis’in belirli suşlarının homolog bir antijeniteye sahip olduğu bulunmuştur.
Streptococcus sanguis , Gram pozitif fakültatif anaerobik kok bakteri türü ve Viridans Streptococcus grubunun bir üyesidir
Optik siniri besleyen damarların tıkanmasıyla sonuçlanan vaskülit , Behçet hastalığında akut optik nöropati ve ilerleyici optik atrofinin nedeni olabilir. Bildirilen bir akut optik nöropati vakasında yapılan histolojik değerlendirme, optik sinirin aksonal kısmının retinal değişiklikler olmaksızın fibröz astrositlerle yer değiştirdiğini göstermiştir. Behçet hastalığında MSS tutulumu, çoğunlukla dural venöz sinüs trombozu ve ardından gelen sekonder optik atrofi nedeniyle intrakraniyal hipertansiyona yol açabilir.