ARMS gelişimi için genetik bir yatkınlık yoktur, ancak füzyon proteininin sentezlenmesine neden olan birkaç genetik rekombinasyon olayı meydana gelir. PAX3-FOXO1 füzyonunun gerçekleşmesi için kromozom 13’ün bir kısmının kromozom 2’ye taşınması gereken bir rekombinasyon olayının olması gerekir ve PAX7-FOXO1 füzyonu için kromozom 13’ün bir kısmının kromozom 1’e taşınması gerekir. 2;13 translokasyon karşılığı genellikle dengelidir ve çoğaltılmaz, 1;13 translokasyon karşılığı ise bazen dengeli bazen de dengesiz olarak görülür, bu nedenle sıklıkla çoğaltılır.
PAX7-FOXO1 füzyonu genellikle tümörlerde çoğaltılır (tüm PAX7-FOXO1 füzyon pozitif tümörlerinin yaklaşık %70’i) ve PAX3-FOXO1 füzyonu nadiren çoğaltılır (tüm PAX3-FOXO1 füzyon pozitif tümörlerinin yalnızca %5’i).
Tüm ARMS vakalarının yaklaşık %60’ı PAX3-FOXO1 füzyon geni için pozitiftir, %20’si PAX7-FOXO1 füzyon geni için pozitiftir ve kalan %20’si füzyon negatif ARMS vakalarıdır.
Her iki füzyon geni de PAX3 veya PAX7 DNA bağlanma alanlarından ve FOXO1 transaktivasyon alanından oluşur .
Bu füzyon, transkripsiyonun düzensizliğine neden olur ve kanser oluşumunu teşvik eden bir onkogen gibi davranır .