Pürin ve pirimidin biyosentezi birbirine paraleldir ve birbirlerinin sentezini de kontrol ederler. Pirimidin biyosentezinin ilk reaksiyonu olan karbamoil fosfatsentaz II reaksiyonu UTP ve pürin nükleotidleri tarafından inhibe edilirken, Fosforibozil pirofosfat (PRPP) tarafından aktive edilir. Pürin ve pirimidin sentezindeki birçok basamak birbirlerinin sentezini çapraz düzenlemeyle kontrol ederler.