Konakçının dokularına yerleşebilen şistozom yumurtaları, şistosomiyazisteki patolojinin başlıca nedenidir. Bırakılan yumurtaların bir kısmı bağırsak duvarından geçerek dış ortama ulaşır; geri kalanı dolaşıma karışır ve karaciğerin periportal yollarında filtrelenerek periportal fibroza neden olur. İnsanlarda yumurta bırakma başlangıcı bazen ateşin (Katayama ateşi) başlangıcıyla ilişkilidir. Ancak bu “akut şistosomiyazis”, hastalığın kronik formları kadar önemli değildir. S. mansoni ve S. japonicum için bunlar “bağırsak” ve “hepatik şistosomiyazis”tir ve sırasıyla bağırsak duvarına veya karaciğere yerleşen sıkışmış yumurtaların etrafında granülom oluşumuyla ilişkilidir . Hastalığın hepatik formu en önemlisidir, burada granülomlar karaciğer fibrozuna ve şiddetli vakalarda hepatosplenomegali’ye neden olur. Belirtiler ve işaretler, dokularda sıkışan yumurtaların sayısına ve konumuna bağlıdır. Başlangıçta, inflamatuar reaksiyon kolayca geri döndürülebilir. Hastalığın sonraki aşamalarında, patoloji kollajen birikimi ve fibrozla ilişkilidir ve bu da yalnızca kısmen geri döndürülebilir olabilen organ hasarına neden olur.
Granülom oluşumu, sert yumurta kabuğu içindeki mikroskobik gözenekler yoluyla miracidium tarafından salgılanan antijenler tarafından başlatılır ve yumurta antijenlerinin doğrudan etkisinden ziyade granüloma karşı bağışıklık tepkisi semptomlara neden olur. Yumurtaların etrafında oluşan granülomlar karaciğerdeki kan akışını bozar ve sonuç olarak portal hipertansiyona neden olur . Zamanla, kolateral dolaşım oluşur ve yumurtalar akciğerlere yayılır ve burada daha fazla granüloma, pulmoner arterit ve daha sonra kor pulmonale’ye neden olurlar . Portal hipertansiyona katkıda bulunan bir faktör, portal venlerin dalları etrafında gelişen Symmers fibrozisidir. Bu fibrozis, enfeksiyondan yalnızca yıllar sonra ortaya çıkar ve kısmen çözünebilir yumurta antijenleri ve onlara tepki veren çeşitli bağışıklık hücreleri tarafından meydana geldiği varsayılır.
Son araştırmalar, granülom boyutunun granülom oluşumunda ve granülom boyutunda önemli bir rol oynayan IL-13 düzeyleriyle tutarlı olduğunu göstermiştir . IL-13 reseptörü α 2 (IL-13Rα2), IL-13’e yüksek afiniteyle bağlanır ve IL-13’ün etkilerini bloke eder. Bu nedenle, bu reseptör şistosomiyazın akuttan kronik (ve ölümcül) hastalık aşamasına ilerlemesini önlemede esastır. Farelere verilen sentetik IL-13Rα2, granülom boyutunda önemli azalmalara neden olmuş ve IL-13Rα2’nin şistosomiyazın önemli bir hedefi olduğunu göstermiştir.
S. mansoni enfeksiyonu genellikle viral hepatit, hepatit B virüsü (HBV) veya hepatit C virüsü (HCV) enfeksiyonlarıyla birlikte görülür . Bunun nedeni kronik viral hepatitin yaygın olduğu bölgelerde şistosomiyazisin yüksek yaygınlığıdır. Önemli bir faktör, 1960’lardan beri intravenöz olarak uygulanan tartar emetik kullanan kapsamlı şistosomiyazis kontrol programları nedeniyle büyük bir enfeksiyon rezervuarının gelişmesiydi . Eş enfeksiyonun daha erken karaciğer bozulmasına ve daha şiddetli hastalığa neden olduğu bilinmektedir .