Apolipoprotein AI (apoA1) , daha az miktarda diğer lipoproteinlerde bulunmasına rağmen, yüksek yoğunluklu lipoproteinlerin (HDL) başlıca yapısal protein bileşenidir . Apolipoprotein A-IV (apoA4), kilomikronlarda , çok düşük yoğunluklu lipoproteinlerde (VLDL) ve HDL’de bulunur . Başlıca ters kolesterol taşınmasında ve kilomikron montajı ve salgılanması yoluyla bağırsak lipid emiliminde etki ettiği düşünülmektedir. Hipotalamusta sentezlenen ApoA-IV’ün, kemirgenin yiyecek alımını düzenleyen tokluk faktörü olduğu ileri sürülmektedir.
Apolipoprotein B, birçok lipoproteinin birincil düzenleyici proteini olarak lipoprotein taşınmasında özellikle önemli bir rol oynar.
Apolipoprotein C-III (apoC3), trigliserit açısından zengin lipoproteinlerin (TRL’ler) metabolizmasını düzenlemede özel olarak lipid metabolizmasında önemli bir rol oynar.
Apolipoprotein D (apoD), merkezi ve periferik sinir sistemindeki nöronlar ve glial hücrelerdeki lipofilik moleküllerin çözünür bir taşıyıcı proteinidir ve apoD ayrıca bu moleküllerin stabilitesini ve oksidasyon durumunu düzenleyebilir. Apolipoprotein E (apoE), düşük yoğunluklu lipoprotein (LDL) reseptörü de dahil olmak üzere lipoprotein reseptörleriyle yüksek afiniteli etkileşimi yoluyla kolesterolün taşınması ve alınmasında önemli bir rol oynar . ApoE, merkezi sinir sistemindeki en önemli lipoproteindir. ApoA1 ve apoE ile ilgili son bulgular, insan değiştirilebilir apolipoprotein gen ailesinin bu iki üyesinin üçüncül yapılarının ilişkili olduğunu düşündürmektedir. ApoE’nin LDL reseptör bağlanma alanının üç boyutlu yapısı, proteinin, lösin fermuar tipi etkileşimleri ve çoğunluklayüklü yüzeydeki çok sayıda tuz köprüsü içerensıkıca paketlenmiş bir hidrofobik çekirdek tarafından stabilize edilmiş olabilen alışılmadık şekilde uzun dört sarmallı bir demet oluşturduğunu göstermektedir. LDL reseptör bağlanması için önemli olan temel amino asitler, uzun bir sarmal üzerinde bir yüzey yaması halinde kümelenmiştir.
Apolipoprotein F (apoF), kan plazmasındaki küçük apolipoproteinlerden biridir ve kolesteril ester transfer proteini aracılı kolesteril ester ve trigliserit transferlerini inhibe eden bir lipit transfer inhibitörü proteindir.
Apolipoprotein M (apoM), lipid metabolizmasına katılır ve anti-aterosklerotik işlevler gösterir ve yüksek yoğunluklu lipoprotein (HDL), düşük yoğunluklu lipoprotein (LDL) ve çok düşük yoğunluklu lipoprotein (VLDL) olarak sunulur