Metforminin uzun süreli kullanımı, artan homosistein seviyeleri ve B12 vitamininin malabsorpsiyonu ile ilişkilendirilmiştir. Daha yüksek dozlar ve uzun süreli kullanım, B12 vitamini eksikliği. Metformin kullanımı IF-Vitamin B12 kompleksinin terminal ileumdan emilimini azaltır.