Prokaryotlarla ökaryotlar arasındaki temel fark çekirdek yapılarının farklılığıdır. Prokaryotların (bakteri) çekirdek yapıları gelişmemiştir. Çekirdek zarı, çekirdekçik ve intron gibi yapıları içermezler
Prokaryotlarda ribozom dışında organel yoktur. Mitokondri işlevini de sitoplazmik membran üstlenmiştir. Yine hücre duvarı prokaryotlara özgü bir yapıdır