SİBO tanısı; Bakteriyel aşırı büyümenin tanısı doktorlar tarafından çeşitli yollarla yapılabilir. Malabsorpsiyon, D-ksiloz emilim testi adı verilen bir testle tespit edilebilir . Ksiloz, sindirilmesi için enzim gerektirmeyen bir şekerdir. D-ksiloz testi, bir hastaya belirli miktarda D-ksiloz içirilmesi ve idrar ve kandaki seviyelerin ölçülmesini içerir; idrar ve kanda D-ksiloz kanıtı yoksa , ince bağırsağın düzgün emilmediğini gösterir (sindirim için gereken enzimlerle ilgili sorunların aksine). Bakteriyel aşırı çoğalmanın tespiti için altın standart , ince bağırsaktan mililitrede 10 üstü 5’ten fazla bakteri aspirasyonudur. Normal ince bağırsakta mililitrede 10 üstü 4’ten az bakteri bulunur . Ancak bazı uzmanlar, flora ağırlıklı olarak kolon tipi bakterilerden oluşuyorsa 10 üstü 3’ten fazla aspirasyonu pozitif olarak değerlendirir, çünkü bu bakteri tipleri ince bağırsakta aşırı sayıda olduğunda patolojik kabul edilir. SIBO tanısında aspirasyonun güvenilirliği sorgulanmıştır, çünkü SIBO düzensiz olabilir ve tekrarlanabilirlik %38 kadar düşük olabilir. Nefes testlerinin yüksek oranda yanlış pozitif sonuç vermesiyle kendi güvenilirlik sorunları vardır. Bazı doktorlar tanıya hastanın tedaviye verdiği yanıtı da dahil eder.  Bakteriyel aşırı çoğalma durumunda ince bağırsak biyopsileri , kısmi villöz atrofi ile çölyak hastalığını taklit edebilir. Bakteriyel aşırı büyümeyi test etmek için nefes testleri geliştirilmiştir. Bu testler ya bakterilerin karbonhidratları hidrojene , metan veya hidrojen sülfüre metabolize etmesine ya da normalde metabolize edilmeyen karbonhidratların sindiriminin yan ürünlerinin tespitine dayanır. Hidrojen nefes testi, hastanın en az 12 saat aç kalmasını, ardından genellikle glikoz veya laktuloz gibi bir substrat içmesini ve ardından genellikle birkaç saatlik bir süre boyunca solunan hidrojen ve metan konsantrasyonlarını ölçmesini içerir. Bakteriyel aşırı büyümenin tanısını koymada jejunal aspiratlarla iyi karşılaştırılır. Karbon-13 ( 13 C) ve karbon-14 ( 14 C) tabanlı testler de D-ksilozun bakteriyel metabolizmasına dayanarak geliştirilmiştir. Artan bakteri konsantrasyonları ayrıca safra asitlerinin dekonjugasyonunda da rol oynar. Glikokolik asit nefes testi , safra asidi 14C glikolik asidin uygulanmasını ve bakteriyel aşırı büyümede yükselecek olan 14 CO2’nin tespit edilmesini içerir.  Ancak bazı doktorlar, bakteriyel aşırı büyüme şüphesi yeterince yüksekse, en iyi tanı testinin bir tedavi denemesi olduğunu ileri sürmektedir. Semptomlar düzelirse, bakteriyel aşırı büyümenin ampirik tanısı konulabilir. SIBO’yu tespit etmek için fekal kalprotektin gibi inflamasyon belirteçlerinin kullanımını destekleyecek yeterli kanıt yoktur