Mycobacterium tuberculosis, fagozomda hayatta kalmasını sağlayan çeşitli mekanizmalar geliştirmiştir: Birincisi, bağışıklık sistemindeki yıkıma karşı kendisini korumasını sağlayan mumsu, yağ açısından zengin bir hücre duvarına sahiptir. Fagozomun içerdiği enzimler patojenin hücre duvarının dış katmanını parçalayamaz. Ek olarak, dış mum tabakası, bir protein fosfataz ile birlikte fagozomun sinyal iletimini bozan ve böylece tam imha programını gerçekleştiremeyen bir glikolipid olan lipoarabinomannan ( LAM ) içerir.  Ayrıca bakteri, reaktif oksijen ve nitrojen türlerinden kaynaklanan tehlikeleri ortadan kaldıran çeşitli enzimler ( katalaz , süperoksit dismutaz ve diğerleri) salgılar. Son olarak bakteri, hiçbir transkripsiyon veya çevirinin gerçekleşmediği ve organizmanın kendi yağ katmanından gelen düşük basınç temelinde yaşadığı kış uykusu benzeri bir duruma girer. Bu, birçok antibiyotiği etkisiz hale getirir, aksi takdirde normal hücre süreçlerine müdahale eder. Bağışıklık sistemi, Mycobacterium tuberculosis’i, patojeni ortadan kaldırmayan, yalnızca onu kapsülleyen granülomlar olarak adlandırılan şekilde bağlar. Bu nedenle enfeksiyon ömür boyu kalır ve birkaç yıl sonra bile herhangi bir zamanda hastalığın salgınını tetikleyebilir. Dünya nüfusunun yaklaşık üçte biri bakteriyel patojen Mycobacterium tuberculosis ile enfektedir .