Bazı bakteriler fagositozu bir istila stratejisi olarak kullanabilirler. Ya fagolizozomun içinde çoğalırlar (örn. Coxiella spp.) ya da fagosom lizozomla kaynaşmadan önce sitoplazmaya kaçarlar (örn . Rickettsia spp .). ******Mycobacterium tuberculosis ve *************Mycobacterium avium paratuberculosis dahil olmak üzere birçok Mikobakteri, lizozomların fagosomlarla kaynaşmasını ve olgun fagolizozomlar oluşturmasını önlemek için konak makrofajını manipüle edebilir .