MERRF hastalığının nedeni mitokondriyal genomdaki mutasyonlardan kaynaklanır . Bu , mtDNA’da (mitokondriyal DNA) patolojik bir varyant olduğu ve maternal kalıtımla aktarıldığı anlamına gelir. Genomda MERRF ile ilişkili olan dört nokta mutasyonu tanımlanabilir: m.A8344G, m.T8356C, m.G8361A ve m.G8363A. ****m.A8344G nokta mutasyonu en sık MERRF ile ilişkilidir