Diğer çoğu flavivirüs gibi, WNV de ikosahedral simetriye sahip zarflı bir virüstür . Elektron mikroskobu çalışmaları, nispeten pürüzsüz bir protein kabuğuyla kaplı 45-50 nm’lik bir viryonu ortaya koymaktadır; bu yapı , başka bir Flavivirüs olan dang humması virüsüne benzerdir . Protein kabuğu, iki yapısal proteinden oluşur: glikoprotein E ve küçük zar proteini M. Protein E’nin reseptör bağlanması, viral bağlanma ve zar füzyonu yoluyla hücreye giriş dahil olmak üzere çok sayıda işlevi vardır. Dış protein kabuğu, konakçıdan türetilen bir lipit zar olan viral zarfla kaplıdır . Flavivirüs lipit zarının kolesterol ve fosfatidilserin içerdiği bulunmuştur , ancak zarın diğer elemanları henüz tanımlanmamıştır. Lipit zarının, sinyal molekülleri olarak hareket etmek ve hücreye girişi artırmak dahil olmak üzere viral enfeksiyonda birçok rolü vardır. Özellikle kolesterol, WNV’nin bir konakçı hücreye girmesinde önemli bir rol oynar. İki viral zarf proteini, E ve M, zarın içine yerleştirilir. RNA genomu, nükleokapsidi oluşturmak için 105 amino asit kalıntısı uzunluğunda olan kapsid (C) proteinlerine bağlanır . Kapsid proteinleri, enfekte bir hücrede oluşturulan ilk proteinlerden biridir; kapsid proteini, temel amacı RNA’yı gelişmekte olan virüslere paketlemek olan yapısal bir proteindir. Kapsidin , Akt yolunu etkileyerek apoptozu önlediği bulunmuştur .

Genom

Batı Nil virüsü genomu. Guzman ve diğerleri tarafından değiştirildi. 2010.

WNV pozitif yönlü, tek zincirli bir RNA virüsüdür . Genomu yaklaşık 11.000 nükleotid uzunluğundadır ve 5′ ve 3′ kodlamayan kök halka yapılarıyla çevrilidir . Genomun kodlama bölgesi üç yapısal protein ve yedi yapısal olmayan (NS) protein kodlar ; bu proteinler yeni virüslerin yapısına dahil edilmez. WNV genomu önce bir poliproteine ​​çevrilir ve daha sonra virüs ve konak proteazları tarafından ayrı proteinlere (yani NS1, C, E) bölünür .

Yapısal proteinler

Yapısal proteinler (C, prM/M, E) sırasıyla kapsid, öncül membran proteinleri ve zarf proteinleridir. Yapısal proteinler genomun 5′ ucunda yer alır ve hem konak hem de viral proteazlar tarafından olgun proteinlere ayrılır.

1-C Proteini; Kapsid proteini; RNA genomunu çevreler, RNA’yı olgunlaşmamış virionlara paketler. prM/M M proteini içeren virüsler bulaşıcıdır: M proteininin varlığı, hücreye virüs girişinde rol oynayan proteinlerin aktivasyonuna olanak tanır. prM (öncül membran) proteini olgunlaşmamış virionlarda bulunur, furin tarafından M proteinine daha fazla bölünerek virionlar bulaşıcı hale gelir.

2-E Proteini; Viral zarfı oluşturan bir glikoprotein, hücreye girebilmek için konak hücre yüzeyindeki reseptörlere bağlanır.

Yapısal olmayan proteinler

Yapısal olmayan proteinler NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B ve NS5’ten oluşur. Bu proteinler esas olarak viral replikasyona yardımcı olur veya proteaz görevi görür. Yapısal olmayan proteinler genomun 3′ ucuna yakın bir yerde bulunur.

1-NS1; NS1, viral replikasyon için, özellikle replikasyon kompleksinin düzenlenmesi için bir yardımcı faktördür.

2-NS2A; NS2A’nın çeşitli işlevleri vardır: viral replikasyonda, virion montajında ​​ve konak hücre ölümünün başlatılmasında rol oynar.

3-NS2B; NS3 için bir kofaktör ve birlikte NS2B-NS3 proteaz kompleksini oluşturur. Proteazı hücre içi zarlara bağlayan transmembran alanları içerir .

4-NS3; Olgun proteinler üretmek için poliproteini parçalamaktan sorumlu bir serin proteaz ; aynı zamanda bir helikaz olarak da işlev görür .

5-NS4A; NS4A, viral replikasyon için bir yardımcı faktördür ve özellikle NS3 helikazının aktivitesini düzenler

6-NS4B; İnterferon sinyallemesini engeller .

7-NS5; WNV’nin en büyük ve en korunan proteini olan NS5, bir metiltransferaz ve bir RNA polimerazı gibi davranır , ancak düzeltme okuma özelliklerinden yoksundur.