Alfa-glukozidaz inhibitörleri kompleks karbonhidratların glikoza parçalanmasını önlediğinden, karbonhidratlar bağırsakta kalacaktır. Kolonda , bakteriler kompleks karbonhidratları sindirecek ve böylece gaz ve ishal gibi gastrointestinal yan etkilere neden olacaktır . Bu etkiler dozla ilişkili olduğundan, genellikle düşük bir dozla başlanması ve dozun istenen miktara kademeli olarak artırılması önerilir. Pneumatosis cystoides intestinalis bildirilen bir diğer yan etkidir. Alfa-glukozidaz inhibitörü kullanan bir hasta hipoglisemi atağı geçirirse , hasta glikoz tabletleri gibi monosakkaritler içeren bir şeyler yemelidir. İlaç polisakkaritlerin (veya monosakkarit olmayanların) sindirimini önleyeceğinden, monosakkarit olmayan yiyecekler alfa-glukozidaz inhibitörü kullanan bir hastada hipoglisemi atağının etkili bir şekilde tersine çevrilemeyebilir.