Hipoglossal çekirdek, medulla içinde bulunan bir kranial sinir çekirdeğidir . Bir motor çekirdeği olduğundan orta hatta yakındır. Açık medullada , hipoglossal trigon olarak bilinen, dördüncü ventriküle hafifçe çıkıntı yapan yükseltilmiş bir alan ( vagal trigonun medialinde ) olarak görülebilir . Hipoglossal sinir çekirdeğinde hasar, damar tıkanıklıkları sonucu beyin enfarktüsü sonucu ortaya çıkabilir. Çekirdek bölgeyi besleyen rami medullalarının kapanması, medial medulla oblongata sendromuna “Déjerine sendromu” yol açar.  Bu çekirdek alanın tutulumu diğer nadir beyin sapı sendromlarında da tipiktir;  özellikle “Tapia sendromu ve Schmidt sendromun” da da hipoglossal çekirdek etkilenir.