Hartnup hastalığında nötral aminoasitlerin (monoamino -monocarboxylic amino acids) barsaktan ve renal tubullerden absorbisiyonu bozuktur. Temel sorunlar triptofanın absorbisyon kusuruna bağlanabilir. Ondan sentezlenen niasinin eksikliği (niasin eksikliği pellegra tablosuna neden olurdu; demans, dermatit, diyare) ve seratonin eksikliğine ait bulgular çıkar. Hartnupta fotosensitivite ve güneş görenyerlerde tipik olan pellegra benzeri döküntüler çıkar