Çiçek hastalığı; Mikroskobik olarak, poxvirusler, en önemlileri Guarnieri cisimcikleri olarak bilinen ve viral replikasyon bölgeleri olan karakteristik sitoplazmik inklüzyon cisimcikleri üretir. Guarnieri cisimcikleri hematoksilen ve eozin ile boyanmış deri biyopsilerinde kolayca tanımlanır ve pembe lekeler olarak görünür. Neredeyse tüm poxvirus enfeksiyonlarında bulunurlar ancak Guarnieri cisimciklerinin yokluğu çiçek hastalığını ekarte etmek için kullanılamaz.