Kan hücrelerinin kökenini belirlemek için yüzey antijenleri (CD – Cluster of Differentiation) kullanılır:
- CD34+: En yaygın kullanılan HKH markerıdır. Kemik iliği nakillerinde hücre sayımı bu marker üzerinden yapılır.
- CD133+ (Prominin-1): Daha ilkel kök hücreleri işaret eder.
- CD38-: Genellikle gerçek kök hücreler CD34+ iken CD38 negatiftir. Hücre özelleştikçe CD38 pozitifleşir.