Entamoeba dispar: Morfolojik olarak Entamoeba histolytica’ya çok benzerdir ve ayırımı zordur. Ancak genellikle apatojendir. Kistleri 4 çekirdeklidir. Entamoeba coli: Normal bağırsak florasında sıkça bulunur ve genellikle apatojendir. Kistleri tipik olarak 8 çekirdeklidir (1 ila 16 arasında değişebilir, ancak 8 en yaygın olanıdır) ve bu özelliğiyle Entamoeba histolytica’dan morfolojik olarak ayırt edilebilir.