Gen ifadesi sessizleştirilmesi için kullanılan önemli bir mekanizma DNA metilasyonudur ve DNA metil transferaz (DNMT) enzimleri tarafından gerçekleştirilir. Genomdaki bazı genler metillenerek sessizleştirilir ve artık protein üretemezler. Susturulan genler doku tipine göre değişkenlik gösterir. Örneğin, hemoglobin sentezleyen eritroid hücrelerde β globin geni aktifken, diğer hücre tipleri hemoglobin sentezlemedikleri için β globin geni metillenip susturulmuştur.