SİBO’ da tedavi stratejileri mümkünse temel nedenleri belirlemeye ve düzeltmeye, beslenme eksikliklerini gidermeye ve antibiyotik vermeye odaklanmalıdır. Bu özellikle hazımsızlık ve emilim bozukluğu olan hastalar için önemlidir. Antibiyotiklerin birinci basamak tedavi olup olmaması tartışma konusudur. Bazı uzmanlar birinci basamak tedavi olarak probiyotikleri , daha şiddetli SIBO vakalarında ise ikinci basamak tedavi olarak antibiyotikleri önermektedir. Prokinetik ilaçlar diğer seçeneklerdir ancak insanlarda yapılan araştırmalar sınırlıdır. Tetrasiklin , amoksisilin-klavulanat , metronidazol, neomisin, sefaleksin ve trimetoprim-sülfametoksazol dahil olmak üzere çeşitli antibiyotikler kullanılmıştır; ancak en iyi kanıt , zayıf emilen bir antibiyotik olan rifaksimin kullanımı lehindedir . İrritabl bağırsak sendromunun zayıf emilen antibiyotiklerin tedavisine yanıt verdiği gösterilmiş olsa da , SIBO vakalarında bu tür tedavinin etkinliği hakkında sınırlı kanıt bulunmaktadır ve 2020 itibarıyla, SIBO’da bu tür tedavinin yok edici etkisini daha fazla doğrulamak için hala randomize kontrollü çalışmalara ihtiyaç duyulmaktadır. Genellikle bir haftalık antibiyotik kürü, durumu tedavi etmek için yeterlidir. Ancak, durum tekrarlarsa, toleransı önlemek için antibiyotikler döngüsel bir şekilde verilebilir. Örneğin, antibiyotikler bir hafta boyunca verilebilir, ardından üç hafta antibiyotik verilmeyebilir ve ardından bir hafta daha tedavi uygulanabilir. Alternatif olarak, kullanılan antibiyotik seçimi döngüsel olarak yapılabilir. SIBO için antibiyotik stratejileri geliştirmede klinisyene rehberlik edecek sınırlı veri bulunmaktadır. Terapi, çoğunlukla ampirik olmaya devam etmektedir. Ancak, uzun vadeli geniş spektrumlu antibiyotik tedavisinin potansiyel riskleri konusunda endişeler mevcuttur. Probiyotikler bağırsaktaki bakteri florasını değiştirerek faydalı bir etki yaratan bakteri preparatlarıdır. Hayvan araştırmaları, probiyotiklerin insanlarda SIBO’nun yönetiminde olumlu bir etkiye sahip olabilecek bariyer güçlendirici, antibakteriyel, bağışıklık düzenleyici ve antiinflamatuar etkilere sahip olduğunu göstermiştir.  Lactobacillus casei’nin, muhtemelen fermente eden bakterilerin küçük bağırsak bakteriyel aşırı büyümesinin seviyelerini baskılayarak altı haftalık tedaviden sonra nefes hidrojen skorlarını iyileştirmede etkili olduğu bulunmuştur. Lactobacillus plantarum , Lactobacillus acidophilus ve Lactobacillus casei’nin tümü SIBO’nun tedavisi ve yönetiminde etkililik göstermiştir. Tersine, Lactobacillus fermentum ve Saccharomyces boulardii’nin etkisiz olduğu bulunmuştur. Lactobacillus plantarum ve Lactobacillus rhamnosus kombinasyonunun ince bağırsakta anormal gaz üreten organizmaların bakteriyel aşırı büyümesini baskılamada etkili olduğu bulunmuştur. Probiyotik suşların bir kombinasyonunun, antibiyotik ilaç metronidazol ile tedaviden daha iyi sonuçlar ürettiği bulunmuştur. SIBO’yu ortadan kaldırmak için temel bir diyetin oldukça etkili olduğu, iki haftalık bir diyetin %80, üç haftalık bir diyetin ise %85 etkililik gösterdiği gösterilmiştir. Temel bir diyet, bakterileri bir besin kaynağından mahrum bırakırken bireye besin sağlayarak çalışır. Ek tedavi seçenekleri arasında , temel bir diyet veya antibiyotiklerle tedaviden sonra SIBO’suz dönemi uzatmak için 5-HT 4 reseptör agonistleri veya motilin agonistleri gibi prokinetik ilaçların kullanımı yer alır . Bakterileri besleyen belirli gıdalardan yoksun bir diyet, semptomları hafifletmeye yardımcı olabilir. Örneğin, semptomlar sindirilemeyen karbonhidrat açısından zengin gıdalarla beslenen bakteriyel aşırı büyümeden kaynaklanıyorsa, FODMAP kısıtlama diyeti uygulamak yardımcı olabilir.