EGFR ve PTEN’deki mutasyonlar primer glioblastom ile ilişkili olup, p53 mutasyonu ise daha çok sekonder glioblastomlarda görülmektedir. MGMT promotor metilasyonu glioblastomun primer ya da sekonder olması ile doğrudan ilişkili olmayıp, alkilleyici ajanların neden olduğu hasarı tümörün onaramayacak olması nedeniyle glioblastom tedavisine yanıtı öngörmeyi sağlayan bir değişikliktir. 1p19q translokasyonları oligodendrogliomlar için tipiktir. 1 p ve 19q’nun ikisinin birden kaybı astrositomlarda da görülebilir ve genellikle bu tümörler için iyi prognoz bulgusudur. NF2 mutasyonları ise meningiomlarda sık görülür.