Batı Nil virüsü (WNV) ile enfekte olanların yaklaşık %80’inde hiçbir belirti görülmez ve bildirilmez. Enfekte kişilerin yaklaşık %20’sinde belirtiler gelişir. Bunların şiddeti değişir ve ısırıldıktan 3 ila 14 gün sonra başlar. Hafif WNV belirtileri gösteren çoğu kişi tamamen iyileşir, ancak yorgunluk ve halsizlik haftalar veya aylar sürebilir. Belirtiler ateş gibi hafiften felç ve menenjit gibi şiddetliye kadar değişebilir . Şiddetli bir enfeksiyon haftalarca sürebilir ve nadiren kalıcı beyin hasarına neden olabilir . Merkezi sinir sistemi etkilenirse ölüm meydana gelebilir. Kanser ve diyabet gibi tıbbi rahatsızlıklar ve 60 yaşın üzerindeki yaş, şiddetli belirtiler geliştirme riskini artırır. Baş ağrısı WNV ateşi, menenjit, ensefalit, meningoensefalitin belirgin bir belirtisi olabilir ve poliomyelit benzeri sendromda mevcut olabilir veya olmayabilir. Bu nedenle, baş ağrısı nöroinvaziv hastalığın yararlı bir göstergesi değildir.Vakaların yüzde 20’sinde görülen Batı Nil Ateşi (WNF), grip benzeri semptomlara neden olan ateşli bir sendromdur . WNF’nin çoğu karakterizasyonu, semptomların başlamasından sonra 3 ila 6 gün süren hafif, akut bir sendrom olarak tanımlamaktadır. WNF’li hastalar üzerinde sistematik takip çalışmaları yapılmadığından, bu bilgiler büyük ölçüde anekdot niteliğindedir . Olası semptomlar arasında yüksek ateş, baş ağrısı, titreme, aşırı terleme , halsizlik, yorgunluk, şişmiş lenf düğümleri , uyuşukluk, eklem ağrısı ve grip benzeri semptomlar bulunur. Bulantı , kusma , iştahsızlık ve ishal gibi gastrointestinal semptomlar olabilir. Hastaların üçte birinden azında döküntü gelişir .Vakaların yüzde 1’inden azında görülen Batı Nil nöroinvaziv hastalığı (WNND), virüsün merkezi sinir sistemini enfekte ederek menenjit , ensefalit , meningoensefalit veya poliomiyelit benzeri bir sendroma yol açmasıdır . WNND’li birçok hastanın nörolojik görüntüleme çalışmaları normaldir, ancak bazal ganglionlar , talamus , serebellum ve beyin sapı dahil olmak üzere çeşitli serebral bölgelerde anormallikler bulunabilir . Batı Nil virüsü ensefaliti (WNE), WNND’nin en yaygın nöroinvaziv belirtisidir. WNE, ateş, baş ağrısı ve değişen mental durumla diğer viral ensefalitlere benzer semptomlar gösterir. WNE’de belirgin bir bulgu, kas güçsüzlüğüdür (ensefalitli hastaların %30 ila %50’si), genellikle alt motor nöron semptomları, gevşek felç ve duyusal anormallik olmadan hiporefleksi ile birliktedir . Batı Nil menenjiti (WNM) genellikle ateş, baş ağrısı, sert boyun ve pleositozis , beyin omurilik sıvısında beyaz kan hücrelerinin artışı ile karakterizedir. Bilinç değişiklikleri genellikle görülmez ve mevcut olduğunda hafiftir.Batı Nil meningoensefaliti, hem beynin (ensefalit) hem de meninkslerin (menenjit) iltihaplanmasıdır.Batı Nil poliomyelit (WNP), WNV enfeksiyonuyla ilişkili akut bir flaksid paralizi sendromudur ve WNM veya WNE’den daha az yaygındır. Bu sendrom genellikle duyusal kayıp olmadan asimetrik uzuv güçsüzlüğünün veya felcin akut başlangıcıyla karakterizedir. Bazen ağrı felce öncülük eder. Felç, ateş, baş ağrısı veya WNV enfeksiyonuyla ilişkili diğer yaygın semptomların yokluğunda ortaya çıkabilir. Bazen akut solunum yetmezliğine yol açan solunum kaslarının tutulumu meydana gelir. Batı Nil geri dönüşümlü felci, WNP gibi, zayıflık veya felç asimetriktir. Bildirilen vakalarda, saf ön boynuz tutulumu için beklenmeyen, derin tendon reflekslerinin başlangıçta korunduğu not edilmiştir. Muhtemelen miyelit veya glutamat eksitotoksisitesi nedeniyle ön boynuz hücreleri üzerindeki üst motor nöron etkilerinin bağlantısının kesilmesi, mekanizmalar olarak önerilmiştir. İyileşme prognozu mükemmeldir.Nadiren görülebilen WNV enfeksiyonunun nörolojik olmayan komplikasyonları arasında fulminan hepatit , pankreatit , miyokardit , rabdomiyoliz , orşit , nefrit , optik nörit ve koagülopati ile birlikte kardiyak disritmiler ve hemorajik ateş yer alır . Koryoretinit de daha önce düşünülenden daha yaygın olabilir.  Cilt belirtileri, özellikle döküntüler yaygındır; ancak, vaka raporlarında birkaç ayrıntılı açıklama vardır ve birkaç görüntü mevcuttur. WNV vakalarında en belirgin olan noktalı eritematöz, maküler ve papüler döküntüler gözlemlenmiştir ve bazı vakalarda histopatolojik bulgular, viral döküntülerde sıklıkla görülen bir belirti olan seyrek yüzeysel perivasküler lenfositik infiltrat göstermiştir. Bir literatür incelemesi, bu noktalı döküntünün WNV enfeksiyonunun yaygın bir cilt sunumu olduğunu desteklemektedir.