Pozitif safra kültürü safra yolu taşlarında sıktır ve obstrükisyonla seyreden diğer hastalıklarda da sık görülür. Safra yolunun bakterial kontaminasyonu tek başına kolanjit kliniğine yol açmaz. Kontaminasyon yanında Safra yolu obstrüksiyonu mevcut ise kolanjit tablosuna neden olur.
Kolanjitteki safra yolu obstrüksiyonun en sık sebebi safra yolu taşları olmakla birlikte malign ve benign darlıklar, parazitler (Clonorchis sinensis and Ascaris lumbricoides) safra yollarına ERCP sonrası stent konulması, bilioenterik anastomozun daralması veya tıkanmasına sekonder olarak kolanjit gelişebilir.
Kolanjti olan hastalarda pozitif safra yolları kültürü olan hastalarda en sık üreyen bakteriler E. coli, Klebsiella pneumoniae, Streptococcus faecalis, Enterobacter, and Bacteroides fragilisdir.