Bedaquilinin protonlanmış formu ATP sentaz kompleksine karşı yüksek afiniteye sahiptir . F
0 alanındaki ‘a’ ve ‘c’ alt biriminin arayüzünde belirgin bir pozisyona özel olarak bağlanır
ve disklerin dönüşünü ve dolayısıyla ATP sentezinin tüm sürecini engeller.
