Okside ubikinon NADH’den bir hidrid iyon (iki elektron ve bir proton) ve matriksteki ortamdan bir proton kabul eder.
Prostetik grup olarak FMN taşımaktadır. Kompleks FMN’den ubikinona elektronları geçiren 7 adet Fe-S merkezi içermektedir.
Dört adet proton intermembranöz aralığa pompalanır.