Bağırsak epiteli mikrovilluslu (çizgili kenarlı) tek katlı prizmatik epiteldir. Hücrelerine enterosit adı verilir. Bunların arasında Goblet (kadeh) hücreleri ve Paneth hücreleri izlenir. Goblet hücreleri glikoprotein mukus salgısı yapan çekirdeği kenara itildiği için taşlı yüzük görünümlü hücrelerdir. Barsak lümeninde villüslerin dip kısımlarında yer alan bazofilik Paneth hücreleri lizozim, defensin gibi antimikrobiyaller salarak barsakları korur. İleum, kolon ve appendikste lenf folikülleri (Peyer plakları) yoğundur. Peyer plaklarının üstündeki epitelin arasında bulunan fagositoz yapabilen epitelyal hücrelere M (mikrofold) hücreleri denir.