Fagolizozom membranı üzerinden etki eden patojenler; listeria monocytogenes, shigella dysenteria, benekli ateş etkeni riketssia ve vaccinia virüs dür.
Q ateşinin etken maddesi olan Coxiella burnetii ,konakçı hücresinin asidik fagolizozomlarında gelişir ve çoğalır. Fagolizozomun asitliği, C.burnetii’nin glukoz , glutamat ve prolin taşımasınınyanı sıra nükleik asitler ve proteinlerinsentezi için gereklidir.
Benzer şekilde, amastigot aşamasındayken, Leishmania tüm pürin kaynaklarını, çeşitli vitaminlerini ve bir dizi esansiyel amino asitlerini konağının fagolizozomundan alır. Layişmanya de elde heme gelen proteoliz ve protein konakçı phagolysosome içinde.
Vaccinia virüsü, çiçek hastalığı aşısının kaynağıdır.
