Çoğu metaloproteaz çinko gerektirir, ancak bazıları kobalt kullanır. Metal iyonu, üç ligand aracılığıyla proteine koordine edilir. Metal iyonunu koordine eden ligandlar histidin, glutamat, aspartat, lizin ve arginin ile değişebilir.
Dördüncü koordinasyon pozisyonu kararsız bir su molekülü tarafından alınır.
EDTA gibi şelatlayıcı ajanlarla tedavi tam inaktivasyona yol açar. EDTA, aktivite için gerekli olan çinkoyu uzaklaştıran metal bir şelatördür. Ayrıca şelatör ortofenantrolin tarafından da inhibe edilirler.
Sınıflandırma
Metalloproteinazların iki alt grubu vardır:
1-Ekzopeptidazlar, metalloekzopeptidazlar (EC numarası: 3.4.17).
2-Endopeptidazlar, metaloendopeptidazlar (3.4.24). İyi bilinen metaloendopeptidazlar arasında ADAM proteinleri ve matris metaloproteinazlar ve İnsülin Parçalayıcı Enzim ve Presequence Proteaz gibi M16 metaloproteinazlar bulunur