Hunner ülserleri yalnızca sistoskopi ile doğru bir şekilde teşhis edilebilir ve aynı zamanda hidrodistansiyon ile tedavi edilebilir.
Elmiron ilacı , bazı hastalarda mesane duvarını kaplayarak Hunner ülserlerinin oluşumunu önlemeye yardımcı olur, böylece idrar içindeki asidin mesane duvarı astarını tahriş etmesini zorlaştırır ve bu da ülserasyona yol açabilir. Elmiron, interstisyel sistit topluluğunda tartışmalı bir ilaçtır ve etkinliği birçok kişi tarafından sorgulanmaktadır. Elmiron ayrıca uzun süreli göz hasarına da yol açmıştır. Pentosan polisülfat , Elmiron markası altında satılan ve interstisyel sistit tedavisinde kullanılan bir ilaçtır . İnterstisyel sistitte, pentosan polisülfatın hasarlı mesane duvarına koruyucu bir kaplama sağlayarak etki ettiği düşünülmektedir . Pentosan polisülfat, mesanenin iç astarının doğal glikozaminoglikan kaplamasına yapı olarak benzerdir ve astarı değiştirebilir veya onarabilir, geçirgenliğini azaltabilir
Ülserler fulgurasyon (elektrik veya lazer kullanılarak yakılarak) veya rezeksiyon (ülserin etrafını keserek hem ülseri hem de çevresindeki iltihaplı dokuyu çıkararak) yoluyla çıkarılabilir . Bazı ülserler aynı yerde tekrarlayabilir.
Birçok hasta ülserlerle yaşamayı ve ülserlerle ilişkili semptomları mesane damlatma ve/veya ağrı kesici ilaç/terapi yoluyla tedavi etmeyi tercih ediyor.
İnterstisyel sistitli hastalar, semptomları tetikleyen yiyecek ve içecekleri diyetlerinden çıkararak rahatlama sağlayabilirler: kafeinli içecekler, özellikle kahve (normal ve kafeinsiz), çay, yeşil çay, soda, yapay şekerler ve meyve suları. Cranberry suyu da yoğun ağrı ve rahatsızlığa neden olabilir. Ancak, belirli yiyecek ve içeceklerin Hunner ülseri semptomları üzerindeki etkisine dair çalışmalar sınırlıdır.