I-Dış zar
A-Yağ Asidi Bozulması; Karnitin palmitoiltransferaz I, Uzun zincirli yağ asidi —CoA ligaz
B-Triptofan Metabolizması; Kinureninaz
C-Monoamin Nörotransmitter Metabolizması; Monoamin oksidaz
II-Zarlar arası boşluk; Adenilat kinaz, Kreatin kinaz
III-İç membran
A-Oksidatif Fosforilasyon; Koenzim Q – sitokrom c redüktaz, Sitokrom c, NADH dehidrojenaz, Süksinat dehidrojenaz
B-Pirimidin Metabolizması; Dihidroorotat dehidrojenaz
C-Mitokondriyal Mekik; Malat-Aspartat Mekiği, Gliserol Fosfat Mekiği
D-Steroidojenez; Kolesterol yan zincir parçalama enzimi, Steroid 11-beta-hidroksilaz, Aldosteron sentaz
E-Diğer; Glutamat aspartat taşıyıcı, Gliserol-3-fosfat dehidrojenaz, ATP senTAZ, Karnitin palmitoiltransferaz II
IV-Matris
A-Sitrik Asit Döngüsü; Sitrat Sentaz, Akonitaz, İzositrat Dehidrojenaz, Oksoglutarat Dehidrojenaz Kompleksi, Süksinil Koenzim A Sentetaz, Fumaraz, Malat Dehidrojenaz
B-Anaplerotik Reaksiyonlar; Aspartat transaminaz, Glutamat dehidrojenaz, Piruvat dehidrojenaz kompleksi
C-Üre Döngüsü; Karbamoil fosfat sentetaz I, Ornitin transkarbamilaz, N-Asetilglutamat sentaz
D-Alkol Metabolizması; ALDH2 “Aldehit dehidrojenaz”
E-PMPCB “Mitochondrial-processing peptidase subunit beta”