5-Hidroksitriptaminin (seretonin) büyük olasılıkla, akupunkturun analjezik etkisine aracılık etmede önemli bir rolü olduğu anlaşılıyor. Triptofan hidroksilaz inhibitorü olan para-klorfenilalanin beyindeki seratonin seviyelerini düşürmektedir. Ancak nalokson ile yapılan karşıt çalışmalar göstermiştir ki, naloksonla oluşturulan bu opioid karşıtı durum, farelerde yüksek frekanslı elektro-akupunkturun analjezik etkisini azaltmasına karşın, düşük frekanslı elektro-akupunktur analjezisinde hiçbir etki meydana getirememiştir. Diğer nörotransmiter sistemler de akupunkturun bazı etkilerine aracılık ediyor olabilir; fakat şu ana kadar rollerinin ne olduğu tam olarak çözümlenememiştir.